Bezpečnostní řízení (§ 89 – 135 zákona) je proces vedený NBÚ nebo jiným oprávněným subjektem podle zákona č. 412/2005 Sb., o ochraně utajovaných informací a o bezpečnostní způsobilosti, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „zákon“).

NBÚ vede řízení prostřednictvím úředních osob oprávněných k tomu podle vnitřních předpisů NBÚ. O tom, který zaměstnanec NBÚ je v daném řízení úřední osobou a ve kterém organizačním útvaru je zařazen, je proveden záznam do bezpečnostního svazku a NBÚ o tom účastníka řízení na požádání informuje. Jednotlivé úkony v řízení se činí písemně, pokud to nevylučuje povaha věci. Jednotlivé sdělení v průběhu řízení lze vůči přítomnému účastníku řízení učinit ústně, pokud ten na písemné formě netrvá.

Zásady bezpečnostního řízení vycházejí z principů správního řízení, nejedná se však o správní řízení podle zákona č. 500/2004 Sb., správního řádu v platném znění. V oblasti personální bezpečnosti slouží k ověření, zda fyzická osoba (účastník řízení) splňuje podmínky pro vydání dokladu o bezpečnostní způsobilosti. Řízení je neveřejné a v jeho průběhu musí být šetřena čest a důstojnost osob dotčených řízením.

Jednacím jazykem je čeština (vyjma zákonného výkonu práva příslušníka národnostní menšiny). Písemnosti v cizích jazycích musí být v rámci řízení předkládány jak v originále, tak v úředně ověřeném překladu do českého jazyka. Pokud je předložena písemnost v cizím jazyce na tzv. přenositelném dokumentu (např. A1,S1,S2,S3,DA1,P1,U1,U2,U3...), je v souladu s nařízením Evropského parlamentu a Rady (ES) č. 883/2004 a č. 987/2009 akceptována bez úředně ověřeného překladu do českého jazyka, pokud je předložena v úředním jazyce členského státu Evropské unie, Evropského hospodářského prostoru nebo Švýcarska.

Kromě osobních úkonů se může účastník řízení nechat zastupovat advokátem nebo zvoleným zástupcem, kterému udělil písemnou plnou moc. V průběhu řízení je účastník a jeho zástupce oprávněn nahlížet do neutajované části bezpečnostního svazku. Úřední osoba, která vede řízení, může být z řízení vyloučena na základě vlastního návrhu nebo na základě námitky podjatosti vznesené účastníkem řízení.

Lhůta pro provedení bezpečnostního řízení o vydání dokladu o bezpečnostní způsobilosti fyzické osoby je 75 dnů (§ 117 zákona) (lhůta neběží po dobu, kdy je vyhlášen krizový stav pro celé území České republiky).

Podrobnosti k zahájení bezpečnostního řízení jsou uvedeny v v § 93 zákona.

Je-li žádost o vydání dokladu o bezpečnostní způsobilosti podávána osobně a nemá předepsané náležitosti nebo není úplná, pomohou zaměstnanci NBÚ žadateli odstranit nedostatky na místě. Nelze-li tak učinit, je žadatel vyzván písemně, aby nedostatky v žádosti odstranil ve lhůtě 30 dnů (§ 102 zákona). Pokud tak neučiní, NBÚ řízení zastaví (§ 113 zákona) a vyrozumí o této skutečnosti odpovědnou osobu.

V případě, že bude účastník po zahájení řízení vyzván, aby doplnil údaje uvedené v žádosti, učiní tak do 14 dnů od doručení výzvy (§ 103 zákona). Jestliže tak neučiní, vystavuje se možnosti, že NBÚ řízení zastaví (§ 113 zákona). Institut výzvy k doplnění údajů může být použit kdykoli v průběhu řízení, nikoli pouze bezprostředně po podání žádosti.

Cílem a smyslem řízení je zjistit stav věci v rozsahu, který je nezbytný pro rozhodnutí o vydání či nevydání dokladu. Úkony, které jsou za tímto účelem prováděny, směřují k ověření toho, zda účastník řízení splňuje podmínky pro vydání dokladu. Při tomto ověřování NBÚ vychází nejen z údajů od účastníka řízení, ale také z informací, které si vyžádal od příslušných orgánů státu, právnických nebo podnikajících fyzických osob. Důležitými úkony, které lze v průběhu řízení využít, jsou dále výslech svědka, pohovor s účastníkem řízení a ustanovení znalce.

Svědkem může být každá fyzická osoba (vyjma příslušníků policie a zpravodajských služeb podílejících se na řízení). Podrobnosti k institutu svědka, bezdůvodné odepření výpovědi, nedostavení se k podání svědecké výpovědi, následky podání nepravdivé či neúplné výpovědi (§ 104 zákona). 

Pohovor s účastníkem řízení (§ 105 zákona) se provádí, je-li třeba objasnit některé skutečnosti v průběhu řízení.

Pokud je v řízení zjištěna pochybnost o osobnostní způsobilosti fyzické osoby, NBÚ ustanoví znalce k jejímu ověření (§ 106 zákona).

Provedení bezpečnostního řízení je vázáno lhůtami. V určitých případech může dojít k přerušení řízení (§ 112 zákona) a po dobu přerušení lhůty neběží.

Bezpečnostní řízení končí doručením jeho výsledku fyzické osobě. Může však být také zastaveno (§ 113 zákona).

K usnadnění postupu a zajištění průběhu řízení slouží další instituty bezpečnostního řízení, jimiž jsou předvolání, předvedení, pořádkové pokuty. NBÚ může předvolat osoby, jejichž osobní účast při projednávání věci je nutná. V případě, že se osoba, která je předvolána jako svědek, bez náležité omluvy nebo bez závažných důvodů na opětovné dožádání nedostaví, může být předvedena Policií ČR nebo u příslušníků ozbrojených sil prostřednictvím nadřízeného.

Osobě, která se nedostaví bez závažných důvodů na písemnou výzvu, podá nepravdivou či neúplnou svědeckou výpověď anebo bezdůvodně odmítá svědeckou výpověď, může být uložena pokuta až do výše 50 000 Kč. Pokuta může být uložena opakovaně, až do úhrnné výše 100 000 Kč.

Všechny písemnosti se v řízení doručují do vlastních rukou. Jestliže adresát odmítne zásilku převzít nebo ji nepřevezme, jelikož se o jejím uložení nedozvěděl, ačkoliv se v místě bydliště zdržuje, nastává právní fikce doručení (§ 120 odst. 3 zákona).

NBÚ zřizuje úřední desku, která musí být nepřetržitě veřejně přístupná. Obsah úřední desky je zveřejněn i na internetových stránkách – zde.

Osobám neznámého pobytu a osobám, jimž se prokazatelně nedaří doručovat, NBÚ doručuje veřejnou vyhláškou. Patnáctým dnem po vyvěšení písemnosti na úřední desce NBÚ, se písemnost považuje za doručenou, byla-li v této lhůtě splněna i povinnost zveřejnění na internetových stránkách NBÚ.

Místem pro doručení je adresa v České republice stanovená účastníkem řízení nebo jím zvoleným zástupcem, na adresu v zahraničí lze doručovat pouze v případě, kdy se zde osoba zdržuje ve státním zájmu. V případě doručování do zahraničí lhůty bezpečnostního řízení podle zákona neběží.